Funkcjonowanie  szkoły  w  Górze  Św. Małgorzaty  związane  jest  z  miejscowym  kościołem,  przy  którym  parafię  erygowano  już  w  roku  1145.  Do  roku 1818  parafią  administrował  Zakon  Kanoników  Lateraneńskich. W drugiej połowie XV  wieku  przeorem  zakonu był Jan Złotkowski, najsłynniejszy kopista, iluminator  ksiąg  epoki przedgutenberowskiej,  nauczyciel i wychowawca synów króla Kazimierza Jagiellończyka. W  kronikach   swych   wspomina o szkole. Była to prawdopodobnie szkoła parafialna lub zakonna. Niektóre źródła  historyczne wspominają  też  o szkole  zakonnej w Bryskach, sąsiedniej miejscowości będącej  własnością  kościoła. Pierwsza pisana informacja o szkole pochodzi z  roku 1869. W nadziale uwłaszczeniowym wsi Góra Św. Małgorzaty szkoła otrzymuje na własność 2 morgi 84 pręty ziemi, w tym 4 pręty  pod zabudową. Można się domyślać, że były to dotychczasowe zabudowania szkolne.    

          Na  przełomie  XIX  i  XX  wieku  wybudowano  nowy, murowany z   czerwonej  cegły  budynek  szkoły  na  planie prostokąta  o  wymiarach  16m x 10m.  W  jednej  części  znajdowały  się  dwie  izby  lekcyjne,  w  drugiej  mieszkania  dla  nauczyciela. W  1910 roku  na   Statucie  Towarzystwa  Użytkowników  w  Górze  Św. Małgorzaty widnieje podpis  miejscowego  nauczyciela  Franciszka Zdanczykowskiego. Szkoła w  latach  1918- 1939  od  pięcioklasowej  przekształciła  się  w  pełną  szkołę  siedmioklasową.  Dodatkowe  4  izby  lekcyjne  znajdowały  się  w  Domu  Ludowym -  będącym  własnością  parafii. Ponadto dwie izby  wydzierżawiano na mieszkania dla nauczycieli. Przed rokiem 1939 w szkole tej między innymi uczyli: Franciszek Zdanczykowski, Jan  Wacławski, Haydrichówna, Helena Galczak, Tadeusz Galczak, Stejmetzowa, Linszajdowa.

Po  zakończeniu  II  wojny  światowej  szkoła  wznawia  działalność  już  w  lutym  1945r. Pierwszymi  nauczycielami  byli: Jan  Szyłło-  kierownik i jego żona - Maria,  Helena  Galczak – Antosik, Zofia  Wiktorowska.  Byli to  dyplomowani  nauczyciele  „ przedwojenni”, o pełnych kwalifikacjach zawodowych. W  roku  1954  wybudowano  nowy  budynek  szkoły,  stwarzający  na  owe  czasy  bardzo  dobre  warunki  do  nauki. Ulokowano w nim także jedno oddziałowe przedszkole. W  latach  1972-1984  szkoła  uzyskała status Zbiorczej  Szkoły  Gminnej. Jako szkoła  zbiorcza przyjmowała dzieci z obwodu  szkół  w  Ambrożowie, Tumie, Morakowie, Marynek. 

Od  roku  1999  jest  jedną  z  dwu  szkół   podstawowych  funkcjonujących  na  terenie  gminy  Góra  Św.  Małgorzaty.

Szkołą  kierowali:

1945 - 1954      Jan  Szyłło

1955 - 1959      Józef  Łuczak           

1959 - 1971      Tadeusz  Wasiak

1971 - 1972      Zofia  Wasiak

1972 - 2008      mgr Stanisław  Wiciński

2008- 2013      mgr Iwona Kuzańska

od 2013 mgr inż. Marcin Przepióra